En cas d'usage de ces textes en vue de citations,
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| Entretien avec Philippe Kourilsky
Compilation de deux entretiens avec D. Donney Kamel, J.-F. Picard et N. Givernaud le 18 mars 2002 à l'Institut Pasteur. Voir aussi sa notice sur Wikipedia |
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 DR |
Un rapport Kourilsky sur le programme 'Génome'
En 1990,
à la demande de Philippe Lazar, le directeur de l'Inserm, j'ai
été amené à préparer un rapport sur
le génome alors que le ministère de la Recherche
envisageait de lancer un programme dans ce domaine. À
l’époque, le séquençage d'un génome
apparaissait comme une opération très compliquée.
À tel point qu'on peut dire qu'il posait un problème de
définition de ce qu'est la science. En effet, réunir une
armée de techniciens qui fonctionnent pendant des années
pour organiser une carte génétique, on peut estimer que
ça ne colle pas avec l'image classique de la recherche
scientifique. Il n'empêche que ces 'cantonniers de l'ADN' - ceux
du Généthon par exemple - ont créé une base
de données qui a marqué l'histoire de la
génétique moléculaire. Mais comme le
séquençage est encore plus compliqué que la
cartographie, pour le programme génome du Ministère, je
recommandais un mode de gestion inspiré du
Généthon. C’est-à-dire concentrer ses forces sur un
programme qui requiert des moyens matériels importants.
Concentrer les moyens sur l'ADN complémentaire (cDNA)
On
sait que dans le génome de l'homme, il y a seulement quelques
pourcents d'informations pertinentes. Ces quelques pourcents sont le
fait du cDNA (il s'agit d'un brin d'ADN artificiellement
synthétisé à partir d'un ARN messager,
représentant ainsi la partie codante de la région du
génome ayant été transcrite en cet ARN). Il y a de
l'information ailleurs dans un génome, bien entendu, mais dans
le cDNA il y a un véritable concentré d'information
pertinente. Comme je connaissais les moyens financiers requis par les
programmes de séquençage, j'ai écrit dans ce
rapport qu'il fallait mettre le paquet sur l'ADN complémentaire.
Par l'analyse de séquences, on pourrait accéder à
de nouvelles hormones, à de nouveaux récepteurs etc. en
alimentant les laboratoires du CNRS et de l'Inserm à partir des
données du cDNA. Mais cela impliquait, évidemment, une
nouvelle manière de concevoir la recherche, comme l'ont
d’ailleurs fait, ensuite, la plupart des groupes industriels, notamment
en Amérique du Nord. C'est aussi la raison pour laquelle, on a
assisté au développement de l'initiative privée
dont un bel exemple est celui du Centre d'étude du polymorphisme
humain de Jean Dausset et de Daniel Cohen. On peut même dire que sans le Généthon ou le CEPH, la France serait
restée à un niveau moyen en matière de
génétique moléculaire, alors qu'elle est
considérée comme le deuxième pays après les
Etats-Unis et même comme leur équivalent dans certains
secteurs.
L'attitude de l'Inserm
Les
EPST (Inserm, CNRS,...) se sont pris les pieds en matière de
séquençage à cause de l'individualisme des
chercheurs et probablement aussi par manque de souplesse dans
l'organisation des grands programmes. À l’époque, les
chercheurs de l'Inserm n'imaginaient rien d'autre que de
séquencer des petits bouts de génome, un peu dans tous les
sens, juste pour avoir des marqueurs... Mais il faut se souvenir de
l'histoire de cet organisme, né d'une initiative des
médecins. Certes, il s'agissait de médecins
éclairés (dont faisait d'ailleurs partie mon père
le pr. Raoul Kourilsky) qui ont transformé l'Institut national
d'hygiène en Inserm. Mais à ses débuts, l'organisme
était l'instrument du pouvoir médical. Il paraît
même que dans ses premières commissions, la majorité
des membres n'avaient jamais tenu une pipette de leur vie… Pour certains
grands professeurs de médecine, l'Inserm était aussi la
preuve de leur existence, il leur fallait un grand laboratoire. Mais
dans ces grandes surfaces, c'était grand désert blanc.
Graduellement, les directeurs de l'Institut ont remis de l'ordre dans
ce bourbier. Je pense d'ailleurs qu'on n'a pas suffisamment rendu
justice à Philippe Lazar qui avait bien compris les choses et
qui avait su s'entourer de poids lourds scientifiques comme Pierre Chambon.
L'Inserm
et le génie génétique
De
même, son prédécesseur Philippe Laudat avait
commencé de manière pragmatique à labelliser un
certain nombre de laboratoires, notamment en génie
génétique. Il l'avait fait sans bruit, mais le CNRS (qui
disposait à l'époque de moyens budgétaires bien
moins importants) se plaignait que l'Inserm fasse une OPA sur ses
laboratoires. Mais de là à passer à la notion de
grands programmes, c'est autre chose, parce que cela touche à la
compréhension que la communauté des biologistes a de son
propre fonctionnement. Quand je dis cela je ne veux rien retirer
à la qualité du travail réalisé par
certaines équipes de l'Inserm. Je pense par exemple à Jean-Claude Kaplan à l'hôpital Cochin ou à Jean-Louis Mandel à Strasbourg. De même on sait que
l'Inserm était très présent en termes de
génétique humaine, grâce par exemple à des
gens comme Edwin Milgrom (U 135) et ses travaux sur les
récepteurs hormonaux. Un autre groupe qui s'est distingué
dans ce domaine est celui de Diane Mathis et Christophe Benoist (U 189)
à Strasbourg chez Pierre Chambon avec leurs souris
transgéniques (knock-out, inactivations de gènes). Mais on
doit aussi évoquer le renouveau de la génétique de
la souris avec les transgéniques et les groupes de laboratoires
non seulement chez Chambon mais aussi chez Axel Kahn à Cochin qui
a développé des technologies intéressantes de
transgénique.
Le programme génome
Quoi
qu'il en soit, les conclusions de mon rapport de 1990 n'ont pas
été retenues, l'entourage d’Hubert Curien, m'a-t-on dit, a
refusé qu'il soit publié. Le problème est qu'il y
avait un 'petit gâteau' et beaucoup trop de gourmands et je pense
que le Ministère n'a pas su faire de choix. Le résultat
est qu'au lieu de se focaliser sur le cDNA, on a éparpillé
les moyens et ce fut l'affaire du GREG. En matière de
génomique, comme il n'y a pas eu réellement de choix forts,
on n'a pas injecté suffisamment de moyens et tout ce que la
recherche publique a fait est d'essayer de sauver les meubles. Il faut
aussi souligner l'extraordinaire individualisme de la communauté
scientifique des biologistes, non seulement en France, mais aussi dans
le Monde. A l'époque du programme génome, quelques grandes
gueules ne se privaient pas d'intervenir "plutôt que de lancer
des grands programmes, on ferait mieux de donner davantage de fric aux
labos …". Bref, en 1990, nous étions sociologiquement à
contre courant de l'habitus scientifique. Toutefois, je note que le
concept de 'grand programme' a fini par évoluer dans un sens
favorable, principalement grâce au Généthon dont la réussite en a fait réfléchir plus d'un sur les
modes d'organisation de la recherche.
Des débuts du génie
génétique à Pasteur
J'ai
commencé ma carrière à l'Institut Pasteur dans le
génie génétique et la génétique
moléculaire avant d'évoluer vers l'immunologie. La
génétique vient en partie de ce qui se faisait dans des
laboratoires de Pierre Tiollais qui travaillait sur les
adénovirus puis sur l'hépatite B et en partie de chez
Pierre Chambon à Strasbourg qui étudiait les gènes
des récepteurs hormonaux. Curieusement, d'ailleurs et par hasard,
l'histoire a rapproché Tiollais et Chambon, Chambon ayant fait un
énorme travail sur les récepteurs de l'acide
rétinoique et Tiollais étant tombé par hasard,
parce qu'il y avait un site d'intégration du virus de
l'hépatite B, sur un gène qui était un variant de
l'acide rétinoique.
On
sait qu'il y a eu plusieurs écoles de génétique en
France. Les écoles pasteuriennes qui travaillaient beaucoup sur
les bactéries, les bactériophages etc. (procaryotes), avec André Wolf, François Jacob, Jacques Monod et François Gros,
mais il y avait aussi la génétique de la drosophile, une
spécialité des laboratoires du CNRS à Gif/Yvette
comme d'un certain nombre d'autres groupes. En matière
d'enseignement, principalement à Jussieu, Paris 6 et 7, le
pouvoir était largement entre les mains des drosophilistes. Il y
avait aussi la levure avec Piotr Slonimski… Bref,
une forte présence de la génétique des eucaryotes
en matière d'enseignement et quand j'ai commencé ma
thèse chez François Gros sur le bactériophage, il
n'y avait aucun enseignement sur ce thème en France et
j'ai été suivre un cour international à Naples.
Puis les choses ont basculé après les années 1965,
notamment sous la houlette de François Jacob et de
François Gros. Les pasteuriens estimaient que le moment
était venu d'attaquer quelque chose de plus compliqué que
les procaryotes, mais en sautant les organismes dits
intermédiaires comme la fameuse drosophile, pour
s'intéresser aux petits mammifères. En fait, ils
hésitaient entre le rat et la souris. François Jacob
avait travaillé avec Sidney Brenner sur le nématode, mais
il trouvait que ces petits vers dans une boîte de Pétri
étaient dégoûtants et finalement assez
compliqués, donc qu'il fallait passer à la souris, bien
que la souris, ce soit encore trop petit pour faire de la neurobiologie.
Le groupe du phage et la conférence
d'Asilomar
Il
faut se rappeler l'importance qu'a eue dans l'histoire de la
génétique l'espèce de groupe diffus, le 'groupe du
phage', composé d'Américains comme M. Delbrück et A.
Hershey et de nos pasteuriens (Lwoff, Monod, Jacob, Gros). Moi, j'ai eu
la chance de rentrer dans ce cénacle très jeune parce
qu'à cause des événements de mai 1968, mon
excellent maître François Gros (il dirigeait ma
thèse) a annulé un voyage aux Etats-Unis où il
devait participer à une Gordon Conférence. De
façon un peu surprenante, F. Gros m'a demandé de le
remplacer pour donner une lecture. Si bien que, quoique très
jeune, mais comme cela se fait souvent aux Etats-Unis, je me suis
trouvé immédiatement immergé dans le réseau.
Survient la conférence d'Asilomar (début des années
1970). Le réseau était très inquiet à cause
de la pression qui montait. Certains biologistes étaient
extrêmement hostiles à la recombinaison
génétique. C'était un mélange de position
théorique et d'attitude de pouvoir. Les techniques de
recombinaison sont puissantes dans la maîtrise du vivant, mais il
est clair qu'il y avait ceux qui s'y intéressaient et les autres
qui s'en sentaient exclus. Il me semble que le grand François
Jacob lui-même se posait des questions, peut-être, parce
qu'il pensait que la génétique ce n'était pas ces
techniques de recombinaison… Donc la conférence d'Asilomar
débouche sur le fameux moratoire. Je me souviens d'avoir
été l'un des 5 ou 6 à avoir voté contre pour
de très mauvaises raisons, mais dont j'ai été
très content par la suite. En fait, c'était une
réaction contre un texte pondu par les Américains qui
risquait de s'imposer à nous sans tenir compte des
spécificités européennes. Au retour, Pierre
Tiollais et moi sommes allés apporter les textes et discuter avec
Jacques Monod, le patron de l'Institut Pasteur :
"Vous voyez monsieur,
si on veut continuer à travailler, il va nous falloir des
équipements de sécurité, des P3, ...
- Ecoutez
Kourilsky, tout ça c'est des conneries, mais je vais vous
trouver de l'argent." Voilà Monod!
Le clonage de l'ARN messager
Le laboratoire de Jacob continuait à faire un peu de
bactériophage, notamment avec mon ami Alain Ranbach (un
polytechnicien biologiste comme moi) qui aimait à dire que tout
problème de biologie devait pouvoir être résolu
grâce aux vecteurs 'phages thermo inductibles' et à la
B-galactosidase. Alain bossait dans son coin du labo Jacob en faisant
des mutants résistants. Il faisait pousser des phages dans des
bactéries qui exprimaient l'enzyme de restriction et il a fini
par obtenir des mutants résistants à l'enzyme. Ensuite,
l'astuce était de recroiser dedans des sites qui permettent de
faire de l'ingénierie génétique. Comme Alain
était infoutu de faire une électrophorèse, il est
allé voir Pierre Tiollais dans le labo d'a
côté . Moi, j'avais fait ma thèse et mon
post-doc. sur les bactériophages et j'étais dans le labo
de François Gros, donc j'étais branché sur le
sujet. C'est à ce moment-là qu'en matière de
vecteurs, on a vu apparaître les plasmides à
côté des bactériophages. Je me souviens d'avoir
découvert les travaux de Cohen et Boyer en 1972, les premiers
à avoir réalisé des recombinaisons de plasmides,
grâce à un article que je préparais pour la revue
'Biochimie' . Ce fut une révélation et je suis
allé voir François Gros :
"Je pense que la chose importante à
réaliser maintenant, ce serait de recopier l'ARN messager et de
le cloner, mais je ne suis pas assez bon biochimiste pour le faire…
- Je
connais un très bon enzymologiste, François Rougeon, il
est à Jussieu chez Chapdeville, allez le voir...".
Rougeon et moi, on a
commencé à bricoler chacun de notre côté.
Mais notre affaire avançait laborieusement. Sur ce, à
l'automne 1974, il y a eu un colloque à Port-Cros organisé
par Bernardi, où j'ai pu discuter avec Pierre Chambon et Bernard
Bach. Bernard Bach était à Genève, Pierre Chambon
à Strasbourg. Je les ai allumés avec mon idée de
cloner l'ARN messager. Je me souviens de leur avoir dit : "si on
réussit la manip, on pourrait débloquer la recherche sur
les eucaryotes ". Chambon m'a répondu : "Vas-y et quand c'est au
point, appelle moi, on travaillera ensemble ".
François
Rougeon était en post doc. chez Bernard Bach à
Genève. À Paris, on avait commencé à
travailler sur le messager de la globine (il est extrêmement
abondant et facile à utiliser)… Puis, François qui est un
enzymologiste brillant, a réussi à recopier l'ARN messager
en lui collant des petites queues de nucléotides et il a
envoyé les molécules où on les a
transformées dans un sous-sol de l'Institut Pasteur. À
l’époque, j'avais comme technicienne la femme de François
Gros, une très bonne manipulatrice des bactéries. On fait
la manip et le lendemain que dalle, trois microbidules dans un truc. Je
lui dis :
"Bon, c'est loupé !
-Attends,
on ne sait jamais…
On
attend, et en effet, ça pousse. En fait, il y avait trop de
kanamycine sur les boîtes de Petri. Résultat, on
sélectionnait les plasmides résistant à la
kanamycine. Ils ont mis du temps à pousser, mais on les a
repiqués et c'étaient les bons (dire qu'on avait failli
les foutre à la poubelle!). Fin 1975, c'était le premier
clonage d'un ADN complémentaire (cDNA). On a publié un
papier qui mériterait la relecture aujourd'hui parce qu'en fait,
nous avions inventé le concept de PCR (polymerase chain reaction
) dix ans avant la lettre. On avait tout dans le tube, si on avait eu
l'idée de chauffer et de rajouter de l'enzyme, on aurait
inventé la PCR et l’on aurait eu le Nobel!
Jacques Monod qui dirigeait l'Institut
Pasteur a compris tout de suite l'importance que représentait le
génie génétique. Il a décidé de
débarrasser tout un étage de laboratoires pour le donner
sa chance au groupe de jeunes brigands que nous étions (Alain
Ranbach, François Rougeon, Pierre Tiollais, Maurice, David
Perrin, Herbert Markovicz et moi…). L'idée était de
construire un plateau technologique où Alain Ranbach a
continué sur certains aspects de la vectorisation, Pierre
Tiollais a choisi de cloner le virus de l'hépatite B, tandis que
Maurice Aufnoul se lançait dans les recombinaisons
génétiques des systèmes bactériens avec
David Perrin.
L'ovalbumine
Quant
à moi, j'ai repris contact avec Pierre Chambon qui m'a dit :
"Bon maintenant que tu as la technique en main, on va cloner
l'ovalbumine". On l'a d'abord fait au niveau du cDNA (ARN messager). Puis
on s'est dit qu'il fallait cloner le gène. On a commencé
à faire des banques de gènes dans les
bactériophages et l’on a cloné des bouts du gène de
l'ovalbumine. Chambon avait montré qu'un gène était
discontinu parce que les Southern blot ne coïncidaient pas avec ce
qui fallait vis-à-vis du messager. Bien entendu, lorsqu'on a
cloné des bouts des gènes de l'ovalbumine, on a
confirmé sa découverte. En même temps on a
développé que l'on appelait les 'plasmidophages', des
recombinants de plasmides et de phages qu'on appelle aussi les
'cosmides'. Donc on avait développé nos propres vecteurs
pour essayer d'incorporer plus d'ADN et on a réussi la
première description génomique un peu large en sortant 35
kb d'un coup sur un cosmide. Comme on s'intéressait à la
manière d'exprimer les choses dans les bactéries,
dès qu'on a eu le cDNA, avec un peu de pif on a réussi
à le raccorder sur un bout de promoteur et on a pu exprimer
l'ovalbumine dans E. Coli. Cela a du être la première
grosse protéine exprimée dans une bactérie à
partir d'un cDNA (on a publié dans 'Nature' en 1978 ou 1979). Puis
on a fait la manip avec la levure.
La question des brevets
François
Rougeon m'a raconté beaucoup plus tard qu'un jour quelqu'un de
'Genentech' s'était pointée à l'Institut Pasteur
pour demander à avoir accès au brevet sur le clonage des
cDNA. "Quel brevet ? Il n'y a aucun brevet ". Évidemment cela
aurait été un brevet générique assez
intéressant, aussi important sans doute que le brevet de Stanford
sur la recombinaison entre fragments d'ADN (Cohen-Boyer). Mais à
l'époque j'étais opposé aux
brevets, jusqu'à ce qu'on me convainque de leurs aspects
positifs. À l’époque, Jacques Monod avait recruté
Joël de Rosnay pour améliorer la valorisation de la
recherche à l'Institut Pasteur. Celui-ci expliquait aux
chercheurs, avec talent, qu'il fallait breveter pour libérer
l'information, d'autant qu'aux Etats-Unis on brevette même ce qui
est publié, d'où un problème entre les lois
européennes et le système américain. Donc,
lorsqu'on a fabriqué l'ovalbumine dans E. Coli , on a
breveté. Mais l'histoire est un peu ahurissante, l'agent
chargé de l'affaire a rédigé un brevet "production
d'ovalbumine dans E. Coli ", mais il n'a pas osé écrire
"production de toute protéine étrangère...". La
conception même de la manip n'est donc pas brevetée ce qui
est idiot. L'ovalbumine, personne n'en a rien à foutre, le blanc
d'œuf en contient des kilos… C'est d'ailleurs à propos de ces
questions d'utilisation des cDNA qu'en 1980, avec Pierre Chambon, nous
avons fondé 'Transgene'. Je dois le dire un peu en
réaction contre l'immobilisme des industriels français qui
ne s'intéressaient pas aux nouvelles biotechnologies.
Le clonage de HLA
Au
bout d'un certain temps, on s'est rendu compte avec Pierre Chambon
qu'en matière projets de recherche, on allait finir par se
marcher sur les pieds. Donc en 1978-79, on a décidé de se
séparer. Cela a été un peu douloureux parce qu'on
avait l'impression de s'être partagé un bel os
scientifique… A Pasteur, on a voulu prendre un système biologique
qui donne accès à la fois à la biologie du
développement précoce (l'ovalbumine c'était la
différenciation terminale, fin de course) et qui,
deuxièmement, ait un sens génétique,
c’est-à-dire inscrite dans une forte tradition de
génétique moléculaire. C'est ainsi que nous avons
choisi de travailler sur le complexe majeur d'histocompatibilité.
On sait que l'une des premières écoles d'immunologie a
été celle de Jean Dausset avec le HLA et le Centre d'étude du polymorphisme humain (CEPH). Le
CEPH a d'ailleurs participé très activement au travail
sur le génome humain, pour caractériser le locus HLA dans
son entier (locus qui
fait quand même 3000 kb). On s'est donc lancé
là-dedans et l’on a repris péniblement les clonages parce
que c'était beaucoup plus trapu que les plasmides. Dites-vous que
l'ARN messager de la globine c'est à peu près 40 % de
l'ARN messager total dans les échantillons de départ,
l'ovalbumine, c'est de l'ordre de 20 % et le MHC (complexe majeur
d'histocompatibilité), c'est 0,1 % au moins. On n'était
pas du tout dans la même catégorie de difficulté au
niveau du tri, etc. Mais en ce sens, on peut dire que nous sommes un peu
à l'origine de la molécularisation de l'immunologie. En
1981, nous avons donc cloné les premiers cDNA qui permettaient de
repérer les gènes H2 que nous avons passé à Bertrand Jordan au Centre de Marseille-Luminy où il a pu cloner
le premier gène HLA. C'est mon frère François
Kourilsky qui avait monté le centre de Luminy, semi-CNRS,
semi-Inserm, un harmonieux mélange d'immunologie, de biologie du
développement et de biologie moléculaire. C'est là
que Bernard Malissen a fait ses travaux sur les récepteurs des
cellules T par exemple.
La régulation du complexe majeur
d'histocompatibilité
Issu
d'une famille de médecins, j'ai toujours eu la volonté de
rendre mes recherches applicables et dans le domaine médical. En
l'occurrence le choix du complexe majeur d'histocompatibilité
était tout à fait influencé par mon frère
François, qui avait fait des travaux sur le H2 de la souris
à l'hôpital Saint-Louis. C'est d'ailleurs ce qu'on a fait ici (à Pasteur) : le clonage du complexe H2. C'est un facteur de
régulation qui était connu pour interagir avec les
gènes qui codent pour les immunoglobulines. À
l’époque, nous travaillions essentiellement avec Alain
Israël sur la régulation des gènes du MHC. Suivant la
même démarche que les autres, on a isolé le cDNA,
puis on a séquencé les gènes et on s'est
intéressé à leur régulation. Nous avons
ainsi isolé les facteurs importants pour la régulation des
gènes du MHC. A l'issue d'un travail très lourd, on a fini
par cloner le facteur qui semblait le plus important, celui qui
s'attachait à une séquence régulatrice en amont des
gènes du MHC. C'est là qu'on s'est aperçu que ce
facteur était une des sous unité du facteur 'NFKappa B' qui
intervenait sur les immunoglobulines. Le clonage a apporté toute
une série d'éléments essentiels auxquels on ne
pouvait pas avoir accès autrement. Le premierpoint était
que le facteur de transcription était produit à partir
d'un précurseur. Tout ça peut paraître technique,
mais c'était le premier facteur de transcription dont on voyait
qu'il était produit à partir d'un précurseur.
L'autre point était qu'on avait un niveau de régulation
supplémentaire parce que le précurseur est situé
dans le cytoplasme cellulaire. Ce qui a ouvert la porte à tout un
tas de trucs parce qu'il apparaît que d'autres co-facteurs se
collent à lui, eux aussi séquestrés dans le
cytoplasme, etc. Bref, c'est comme cela qu'on est devenu immunologiste,
d'abord sans le vouloir, puis sciemment.