En cas d'usage de ces textes en vue de citations,
merci de bien vouloir mentionner leur source (site histrecmed), ses auteurs et leurs dates de réalisation
| Entretiens avec Jean Weissenbach
N. Givernaud, J.-F. Picard (4 janvier 2002) Suivi d'un nouvel entretien avec L. Esterle, J.-F. Picard et J.-F. Prud’homme (30 mai 2011) Ces deux textes ont été revus et amendé par le témoin |
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 DR |
Quelle définition donneriez-vous de la génomique monsieur Weissenbach ?
Aujourd'hui tout le monde s'approprie ce terme, on parle de
génomique à tout propos et souvent à tort. Je
dirais qu'on peut considérer comme génomiques des
expériences en biologie qui prennent l'ensemble du génome
d'un organisme en considération. Par exemple, lorsqu'on
étudie l'expression de tous les gènes en parallèle
: si on veut observer l'expression des gènes d'un tissu dans des
conditions déterminées, on ne va plus se demander comment
répond le gène (x) ou (y), mais comment répond
l'ensemble des gènes du génome. A partir de la
séquence on a pu procéder à l'inventaire des
gènes, qui a son tour permet d'identifier les protéines.
On peut alors rechercher des signatures de ces protéines, pour
procéder à leur inventaire dans un tissu ou un organite
cellulaire particulier. C'est un travail dérivé de la
génomique, tout comme chercher à savoir comment ces
protéines interagissent. Mais ceci fait-il de la
génomique une nouvelle science ? Disons que la génomique
consiste à faire de la biologie à une autre
échelle qu'auparavant. Aujourd'hui la "génomique
fonctionnelle" est souvent présentée comme la vraie
science, par opposition à la vieille génomique
centrée sur la séquence des génomes. Mais les
termes génomique et fonctionnelle sont antinomiques. Le
génome c'est de l'information et rien d'autre ; la fonction d'un
gène, c'est de stocker de l'information et de la dupliquer ;
c'est la fonction de chaque gène, c'est-à-dire du
génome. Si l'expression génomique fonctionnelle est de
plus en plus utilisée, c'est parce qu'on entend souvent par
fonction d'un gène, la fonction de son produit,
c'est-à-dire celle de la protéine... On parle
également de "protéomique" : par exemple, quand on
identifie les 30 ou 40 protéines des pores nucléaires et
qui assurent le fonctionnement de cette machine cellulaire, nous sommes
bien au niveau des protéines. Nous avons effectivement
utilisé l'information génomique pour identifier les
composants des pores nucléaires mais est-ce toujours de la
génomique ? Il faut aussi rappeler que ces expériences
à grande échelle donnent essentiellement des indices,
elles ne démontrent rien. Le fait de savoir que 10 gènes
sont corégulés est intéressant en soi. Si vous
constatez que 5 ou 6 d'entre eux font partie d'une même voie
métabolique, vous pouvez penser que les autres dont vous ignorez
le rôle ont quelque chose à voir avec cette voie
métabolique. L'approche génomique met en évidence
des associations, des corrélations qui n'auraient pas
été soupçonnées a priori,
et pour lesquelles on n'aurait donc pas eu l'idée d'entreprendre
des expériences spécifiques. Il est donc important de
faire des expériences à caractère
systématique, sans a priori, c'est là que
réside l'intérêt de la génomique. Pour
résumer, je dirais que la génétique et la
biochimie sont les deux disciplines qui furent au centre de la biologie
du vingtième siècle et qui nous ont permis de voir que le
vivant reposait en premier lieu sur l'information. Aujourd'hui, cette
question de l'information est, dans les grandes lignes, résolues
: on peut dire qu'on dispose de la globalité de l'information
nécessaire pour comprendre les mécanismes de la vie. Il
s'agit maintenant de savoir comment tout ceci s'organise, comment tous
ces éléments d'information que sont les protéines
fonctionnent en harmonie. De la chimie de l'information qui a
occupé la deuxième moitié du 20ème
siècle, nous passons maintenant à la chimie de
l'organisation qui va beaucoup nous occuper au 21ème et la
génomique contribuera à la compréhension de la
chimie de l'organisation du vivant.
L'ADN recombinant et la génétique humaine
Je suis pharmacien de formation. J'ai fait une thèse de sciences
en biologie moléculaire sur les ARN de transfert (de la levure).
A l'époque, c'était plus de la biochimie d'ailleurs que
de la biologie moléculaire. Ensuite, au tournant des
années 1970-80, je suis parti faire un post-doc à
l'institut Weizmann, en Israël, où j'ai travaillé
sur le clonage des gènes des interférons (humains). C'est
comme cela que je suis rentré dans le domaine de l'ADN
recombinant. Mais l'Institut Weizmann n'avait pas encore toutes les
technologies disponibles et, à la suite d'un accord avec
l'Institut Pasteur, j'ai rejoint le laboratoire de Pierre Tiollais
à Pasteur en 1979. Par la suite, en 1981, toujours chez Pierre
Tiollais j'ai démarré un projet appliquant les techniques
de l'ADN recombinant à la génétique humaine.
Pendant de nombreuses décennies précédantes, la
génétique humaine était restée une
discipline stagnante, où on se contentait d'étudier la
transmission des maladies héréditaires au sein de
familles. Bien sûr, on pratiquait du conseil
génétique, mais son pouvoir de prédiction restait
limité. On savait surtout faire des caryotypes. La
génétique médicale avançait lentement. Le
fait de pouvoir manipuler de l'ADN a bouleversé le paysage.
L'identification des premiers polymorphismes de l'ADN humain laissait
présager l'existence d'une source pratiquement illimitée
de réactifs d'ADN pour faire des études
génétiques. Il devenait possible de connaître le
génotype des individus.
Les anomalies de la détermination du sexe...
Dans les années 1980, nous avons commencé à
aborder par des méthodes de génétique
moléculaire des anomalies de la détermination du sexe
chez l'homme, qui avaient été identifiées
auparavant. Chez les mammifères, il y a un déterminant
positif du sexe masculin (un gène) porté par le
chromosome Y. Nous avons d'abord essayé d'isoler des fragments
d'ADN spécifiques du chromosome Y puis grâce à ces
fragments, nous avons abordé de vieilles questions sur ces
fameuses anomalies. Est-ce que, par exemple, chez des individus de sexe
masculin qui avaient deux chromosomes X mais pas de chromosome Y (les
mâles XX), il y avait un morceau d'Y resté inaperçu
? C'est une question que la cytogénétique n'avait pas su
résoudre. Grâce aux techniques de l'ADN recombinant, on a
pu découvrir que la réponse était effectivement
positive dans un grand nombre de cas. Inversement, chez des femelles
XY, y avait-il une délétion du chromosome Y ? La
réponse était oui, de temps en temps. Les morceaux
manquants du chromosome Y des femmes XY étaient
précisément ceux qu'on retrouvait chez les mâles
XX. Ceci nous a permis de faire une cartographie de l'ensemble du
chromosome et, notamment, de cerner la région dans laquelle se
localisait ce fameux gène, déterminant positif du sexe
masculin que l'on appelait 'TDF' (Testis determining factor) et qui s'est appelé ensuite 'SRY' (sex determining region, Y chromosome).
Toujours grâce à ces fragments d'ADN du chromosome Y nous
avons aussi relancé de vieilles hypothèses et
montré qu'il y avait une région commune entre X et Y, une
région pseudo-autosomique, dénommée ainsi du fait
de ces propriétés génétiques
particulières (absence de liaison au sexe), et qui était
l'objet d'un crossing-over entre les deux chromosomes. Ce qui
permettait aussi de faire la cartographie génétique de
cette région.
... et les maladies génétiques
Dans le même temps, on assistait à toute une série
de progrès dans d'autres domaines de la génétique
humaine, notamment dans la cartographie d'un certain nombre de maladies
génétiques. De nombreuses équipes s'étaient
engagées dans ces travaux. On avait commencé par les
maladies les plus fréquentes et les plus graves comme la
mucoviscidose ou la myopathie de Duchenne. Que ce soit pour
étudier les maladies génétiques ou le
déterminant du sexe masculin, la problématique
était très similaire. Il s'agissait de cartographier un
locus génétique en s'appuyant sur des collections de
patients ou de familles. La grosse différence étant
toutefois que les anomalies de la détermination du sexe ne se
transmettent pas puisque, sauf exception, les individus sont
stériles.
Le Centre d'étude du polymorphisme humain (CEPH)
Ce sont ces travaux qui m'avaient fait prendre conscience, vers la fin
des années 1980, que les outils de la cartographie
génétique étaient très frustes. Il fallait
envisager le problème autrement et procéder de
manière ordonnée par un vrai travail d'infrastructure au
cours duquel on développerait de nouveaux outils. J'en avais
discuté avec Daniel Cohen que je connaissais (nos premières rencontres remontent au milieu des années 1980). Il m'a dit : "Si tu veux développer ce genre d'activité, j'ai de la place pour toi au CEPH".
En 1989, j'ai donc commencé à développer de
nouvelles méthodes de cartographie au Centre d'étude du
polymorphisme humain. Le CEPH était déjà
impliqué dans l'établissement d'une carte
génétique du génome humain à partir d'une
importante collection de familles de référence. En fait,
le CEPH s'inscrit d'abord dans la tradition des recherches du
laboratoire de Jean Dausset,
qui avait très tôt réuni des familles pour ses
travaux sur le système d'histocompatibilité HLA. Daniel
Cohen et Jean-Marc Lalouel l'ont convaincu qu'on pouvait envisager de
faire une carte génétique humaine, à l'aide du
pool de famille dont il disposait. Leur idée, comme celle
d'autres membres de l'équipe, Howard Cann,
Mark Lathrop, était de s'appuyer sur une collection de familles
de référence, utilisée par tout le monde. On
pourrait ainsi localiser beaucoup plus rapidement les marqueurs
génétiques les uns par rapport aux autres, puisque tous
les utilisateurs travailleraient sur les mêmes
événements méiotiques. Fin 1983, Dausset et ses
collaborateurs ont organisé un petit colloque fondateur à
Paris auquel participaient un certain nombre d'Américains. C'est
là qu'il fut décidé de lancer un pool commun de
familles : les familles de Dausset plus celles des Américains,
notamment celles de Ray White qui disposait de familles de Mormons, sur
trois générations avec beaucoup d'enfants, ce qui
était très intéressant (plus les familles sont
grandes, moins on a de parents à étudier par rapport au
nombre de méioses que l'on veut analyser). En immortalisant les
lignées cellulaires des différents individus de ces
familles, il fut possible de préparer des quantités
largement suffisantes d'ADN pour les distribuer aux laboratoires
intéressés à contribuer à établir la
carte génétique. Les données de génotype
obtenues par les laboratoires du réseau étaient ensuite
introduites dans une base de données accessible à
l'ensemble des contributeurs et maintenue par le CEPH. A partir du
traitement de ces génotypes, une carte génétique
humaine commença à être établie.
La carte génétique (RFLP et microsatellites)
La carte génétique est une carte de points correspondants
à des variations de la séquence de l'ADN (polymorphisme)
localisées le long du génome. Ces variations sont
stables, transmises de génération en
génération et permettent de distinguer différents
individus ainsi que chaque copie d'une paire de chromosomes chez un
individu. Chaque point est identifié à un marqueur
génétique. L'ordre et la proximité de ces
marqueurs le long des chromosomes sont déterminés par une
analyse de l'ADN des marqueurs des individus. Considérons chez
un individu deux marqueurs A et B chacun caractérisé par
deux allèles (a1 ou a2 pour A et b1 ou b2 pour B). Ils sont
proches si les allèles ne sont pas réassortis au hasard,
c'est-à-dire qu'on retrouve majoritairement dans la descendance
de l'individu deux associations par exemple a1 avec b2 ou bien a2 avec
b1.
Vers le milieu des années 1980, le réseau
constitué par le CEPH a donc commencé à faire une
carte génétique, mais elle avançait très
lentement et manquait de précision parce qu'elle était
basée essentiellement sur des marqueurs bi-alléliques,
les RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism).
Très souvent, parce que les individus sont homozygotes (1 seul
allèle), on n'a pas d'information quant à la transmission
de ces marqueurs. L'avantage des marqueurs que nous avons
utilisés par la suite, les microsatellites, est d'être
multi-alléliques ; ceci permet d'obtenir beaucoup plus
d'informations. En 1989, l'idée était donc d'utiliser ces
nouveaux marqueurs, dont Jim Weber venait de montrer le polymorphisme.
Il s'agit en fait de courtes séquences constituées de
quelques nucléotides répétés plusieurs fois
(par exemple 'AC') que l'on retrouve à plusieurs dizaines de
milliers d'exemplaires dans le génome avec, pour un marqueur
donné, des longueurs différentes d'un individu à
l'autre ou même entre les deux copies du génome de
l'individu. Par exemple, pour un individu on peut trouver un marqueur
sur un chromosome d'une paire avec 14 'AC'
répétés, et 13 'AC' au même endroit sur
l'autre chromosome de la paire ; pour un deuxième individu, on
en comptera 17 et 15 etc. Cette approche est cependant
extrêmement lourde : il faut repérer un microsatellite, le
séquencer, déterminer les séquences uniques qui le
bordent et qui serviront ensuite comme sondes spécifiques pour
repérer le microsatellite chez d'autres individus ... Au CEPH,
nous avons donc d'abord cherché à mettre au point des
méthodes efficaces. C'est ainsi que nous avons
développé un procédé de génotypage
qui fut ensuite appliqué à grande échelle à
Généthon. En 1992, nous avons publié la
première carte génétique entièrement
basée sur des microsatellites (la carte comptait 813 marqueurs)
; deux autres versions de cette carte génétique de
Généthon avec 2066 puis 5264 marqueurs furent
publiées ensuite en 1994 et 1996. La première carte
génétique du génome humain publiée par
Helen Donis Keller en 1987, comportait environ 400 marqueurs RFLP. Elle
n'était adaptée que pour les maladies les plus
fréquentes, dès lors qu'on rassemblait suffisamment de
familles de malades, mais on perdait énormément
d'information. Les laboratoires du réseau du CEPH l'ont bien
améliorée par la suite ; ils en ont publié une
nouvelle version en 1992 dans un numéro spécial sur le
génome de Science. Nous avions nous aussi soumis notre papier à Science au
même moment. Il a notamment été
évalué par Donis Keller qui a écrit dix pages dans
lesquelles elle essayait de nous démolir. La rédaction de
'Science' a finalement décidé de ne pas prendre "the French Map"... Barbara Jasny du comité éditorial de la revue était fort embarrassée, elle m'a dit : "It hurts me to turn down your paper".
Je lui ai dit de ne pas s'en faire, nous nous sommes tournés
vers 'Nature' qui était ravi de l'aubaine. Si nous avions pu
imaginer ces réactions américaines, nous aurions soumis
directement notre papier à 'Nature' et nous aurions gagné
deux mois. Howard Cann me disait d'ailleurs : "On a eu le papier de 'Science' fin septembre et puis fin octobre on a eu ta carte, et on a jeté celle de 'Science'..."
Il est vrai qu'au point de vue précision et fiabilité,
entre les microsatellites et les RFLP, c'était le jour et la
nuit.
Le lancement du Généthon
Lorsque Bernard Barataud
a décidé de lancer Généthon en 1990,
l'idée était de créer un laboratoire non
conventionnel doté de très importants moyens. Cela a
suscité des résistances au sein du conseil scientifique
de l'AFM, mis à part quelques fortes personnalités en
faveur du projet, comme Jean Rosa, les médecins généticiens comme, Jean Frézal, Arnold Munnich
ou d'autres étaient assez hostiles au projet. Mais ils s'y sont
ralliés par la suite en reconnaissant très
honnêtement leur erreur. Reste que la décision initiale de
lancer Généthon n'a pas été prise de
manière démocratique. Le choix retenu par l'AFM fût
de concentrer les moyens sur deux à trois programmes en un lieu
unique, au détriment d'autres programmes qui émanaient de
nombreux demandeurs. Une telle politique n'est jamais populaire.
Comment a réagi la recherche publique ?
Du côté de l'Inserm, c'est peu dire qu'on a loupé
le virage du génome humain. Il y avait dans l'entourage de la
direction générale de l'époque des gens qui ont
freiné des quatre fers et qui exprimaient leur scepticisme quant
à l'intérêt scientifique du programme
génome. D'autres disaient : "Cela
coûte trop cher, laissons faire les Américains. Quand les
données seront publiques, nous les utiliserons..." Certains ajoutaient : "D'ailleurs on peut faire de la biologie sans la séquence".
Ce qui est vrai bien sûr. Mais quand on a la séquence,
c'est tout de même autre chose ! Il faut se rappeler que le fond
de commerce de la biologie moléculaire dans les années
1980 était de cloner des gènes, de les séquencer,
d'étudier leur expression et de publier gène après
gène... D'où peut-être la réaction de
certains : "Si on fait tout d'un seul coup, qu'est-ce qui nous restera après ?"
Le scepticisme de la recherche académique pour la biologie à grande échelle
Dans les milieux de la recherche académique on n'aimait pas la
génomique. Pourquoi ? Parce qu'un programme de
séquençage, c'est avant tout de l'acquisition de
données, cela n'a pas ce côté élégant
qui motive tant les fondamentalistes. Il est vrai que de superbes
travaux, comme le modèle de l'opéron lactose (partir
d'une collection de mutants et déduire de leurs
propriétés un mécanisme de régulation
génétique) sont plus satisfaisants pour l'esprit.
Pourtant, même dans le milieu académique aujourd'hui, ce
type de recherche semble avoir quelque peu disparu au profit d'une
recherche qui prend de fait un tour beaucoup plus laborieux !
Aujourd'hui, beaucoup de travaux passent par une démarche
expérimentale lourde qui a un côté quasi
mécanique. D'autre part, les approches systématiques
comme les programmes de mutagenèse sur la souris en Angleterre
et en Allemagne sont parfois considérées avec
dédain : c'est un travail ou la part laissée au hasard
est énorme et où les résultats intéressants
tiennent plutôt de la chance que d'une hypothèse bien
conçue. Il est vrai qu'il est plus satisfaisant de partir d'une
belle hypothèse, mais si c'est pour ensuite mettre en oeuvre une
expérimentation qui a elle aussi de grandes chances d'être
très lourde et contraignante où est vraiment la
différence... Toutes ciblées qu'elles soient, les
expériences de knock out reviennent
quand même à "casser et regarder" une démarche
finalement très classique en science : vous avez un moteur, vous
enlevez une pièce et vous regardez s'il tourne encore. S'il ne
marche plus, vous commencez à réfléchir sur le
rôle de la pièce. Mais les expériences où il
faut beaucoup "d'huile de coude" ne sont pas toujours très
appréciées chez nous. Regardez Roger Guillemin
qui a imaginé une démarche très lourde consistant
à sortir des quantités dérisoires d'hormones du
système neuroendocrinien à partir de quantités
massives de glandes pituitaires et qui devra s'expatrier pour
réaliser ces expériences faute de financement par notre
recherche institutionnelle. Pour rester dans les approches lourdes on
pourrait également prendre le cas des maladies
génétiques. Il y a environ 5000 maladies
monogéniques. Donc, autant d'indications auxquelles on va
pouvoir associer un gène, peut-être pas une fonction, mais
au moins un phénotype. Les rétinites pigmentaires, par
exemple, sont des maladies qui aboutissent à la
cécité. Sur le plan génétique, on arrive
à distinguer une centaine de rétinites pigmentaires, des
maladies qui sur le plan physiologique sont toutes identiques. C'est
quand même fantastique d'arriver à identifier une centaine
de protéines qui sont impliquées dans un mécanisme
physiologique. Mais on entendait les commentaires suivants : "Vous
allez les trouver des gènes, bon, très bien. Mais ce
n'est pas du beau travail d'en trouver comme cela. C'est trop facile !"
Pourtant établir un lien entre un phénotype et un
génotype quelle que soit la manière, est
intéressant. Je crois qu'il faut d'abord être pragmatique,
comme nos collègues anglo-saxons qui sont plus réalistes
que nous et font avancer les connaissances plus vite.
Intellectuellement, séquencer un génome n'est peut
être pas la manière la plus élégante de
faire de la biologie, mais est-elle vraiment la moins pertinente ?
Le séquençage
L'AFM a financé la phase préliminaire au
séquençage du génome humain, la cartographie du
génome, parce qu'elle avait compris l'intérêt de
disposer de bonnes cartes. La carte génétique
établie à Généthon a été
extrêmement utile, notamment pour localiser les gènes
responsables de maladies héréditaires. La suite logique
c'était le séquençage. Lorsque la question s'est
posée vers 94-95, Bernard Barataud a décidé de retirer l'AFM de l'entreprise : "Nous
avons financé la cartographie. Nous avons largement
contribué au programme génome, l'Etat doit prendre le
relais, notre objectif premier reste de guérir les malades".
Un argument d'autant plus recevable que Barataud savait que le
séquençage dépassait les moyens dont disposait
l'AFM. Surtout à l'époque où le devis était
probablement dix fois ce qu'il serait aujourd'hui. La question de
l'organisme à séquencer se posait aussi. Tout le monde
savait que le génome humain se prêtait mal à un
travail expérimental et qu'il était nécessaire
d'avoir en parallèle un certain nombre de systèmes
modèles sur lesquels on puisse travailler. Le mammifère
le mieux connu sur le plan de la génétique, de la
virologie, de l'immunologie, etc., c'est la souris. Il était
donc clair qu'il faudrait aussi séquencer le génome de la
souris. De leur côté, les agronomes et les biologistes des
plantes avaient leur modèle, l'arabète, Arabidopsis thaliana.
Quant aux biologistes du développement, ils étaient
intéressés par les organismes faciles à faire
muter, des eucaryotes multicellulaires, comme la drosophile ou le
nématode, ou unicellulaire, comme la levure. Et puis il y avait
aussi un certain nombre de bactéries qui intéressaient
beaucoup les microbiologistes et les biologistes moléculaires,
comme E. coli, bactérie gram (-), et B. subtilis,
gram (+), par exemple, sans compter tous les pathogènes qui sont
incontournables. Bref, il y avait beaucoup de cibles possibles. Je ne
pense pas qu'il y avait pour autant des tensions entre les partisans
des différents programmes. Tout biologiste sait que l'on ne fait
pas jaillir la vérité à partir d'un seul
système.
Le Groupement de recherche et d'étude des génomes (GREG)
On sait que Piotr Slonimski s'était
impliqué très tôt dans le programme européen
pour séquencer le génome de la levure. Avec André Goffeau,
ils ont pu instituer une coopération entre une multitude de
laboratoires. Entre la levure et l'homme, l'échelle n'est pas la
même : d'un côté 12 millions de paires de bases
(pour la levure), de l'autre, 3 milliards (pour l'homme). De plus, la
levure est plus 'économique'. Lorsqu'on séquence quelques
milliers de bases de son génome, on identifie plusieurs
gènes. En séquençant un morceau de cette taille
chez l'homme, on n'obtient pas même un gène entier, juste
un morceau. Je pense que Slonimski lui-même était
cependant convaincu que le modèle de dispositif mis en place
pour séquencer la levure ne pouvait s'appliquer aux grands
programmes de séquençage. Il avait aussi raison de ne pas
chercher à concurrencer le Human Genome Project de Jim
Watson, d'autant que le budget du GIP GREG était
négligeable par rapport à ceux engagés aux
Etats-Unis. Il était de l'ordre de 80 MF et devait en plus
servir à tous les programmes génomes de l'Inra, du CNRS,
de l'Inserm. En réalité, je ne sais pas très bien
quelles étaient les intentions du Gouvernement en créant
le GIP GREG. La fameuse lettre de mission de Piotr Slonimski a
abondamment circulé à l'époque, mais les termes en
étaient pour le moins ambigus. En fait, Piotr a
géré le GREG comme un fond qui distribuait des moyens
auprès de ceux qui répondaient à des appels
d'offre, un peu sur le modèle du programme levure. Et puis, du
jour au lendemain le GREG s'est vu couper ses crédits. Que
s'est-il passé ? Le ministère de la Recherche a
récupéré le budget pour le mettre dans le Centre
de séquençage, une application classique du principe des
vases communiquants.
Les centres de séquençage
Au début des années 1990, on espérait que pendant
toute la phase exploratoire du programme génome de nouvelles
techniques qui rendraient le séquençage infiniment plus
efficace allaient apparaître, or cela ne s'est pas produit. Les
techniques de séquençage utilisées aujourd'hui
sont celles que Fred Sanger avait élaborées dans les
années 1970. Les techniques de substitution comme le
séquençage par hybridation ne sont pas d'une
fiabilité fantastique, quant à la spectrographie de
masse, elle va pour des petits fragments. Il y a eu aussi la
microscopie à champs proches, mais elle n'a jamais vraiment
fonctionné pour l'ADN. Bref, les voies qui semblaient un peu
prometteuses n'ont pas débouché. Dans le même
temps, le coût des techniques existantes a
considérablement baissé. Au milieu des années
1990, de gros centres ont commencé à se constituer, le Sanger Center,
quelques centres américains, etc. L'idée était de
travailler pendant une dizaine d'années en perfectionnant les
installations. A partir de la fin de la décennie, de nouvelles
machines ont permis d'accélérer les choses, surtout en
réduisant les besoins en personnel, l'un des facteurs qui
limitait l'expansion des centres de séquençage. Avec les
nouvelles machines multicapillaires, on n'avait plus besoin d'avoir un
millier de personnes au même endroit pour séquencer un
tiers du génome humain en dix ans, cent à deux cents
suffisait à faire tourner un grand centre de
séquençage.
Le Centre national de séquençage (Génoscope)
Je me souviens d'avoir participé au milieu des années
1990 à un débat au sein du conseil scientifique du GREG.
Le thème était : que peut-on faire en matière de
séquençage ? Va-t-on faire comme les Anglais qui
étaient alors en train de monter le Sanger Center,
ou s'orienter vers des solutions plus hexagonales du type saupoudrage
des crédits entre des petits centres à droite, à
gauche. Je m'étais opposé à cette solution, je
venais de Généthon et je savais ce que permettait la
concentration des moyens, mais j'étais très minoritaire.
Puis la décision de monter un seul centre fut prise. Pour le
Centre national de séquençage (Genoscope), j'ai pu
récupérer un noyau de gens qui venaient de
Généthon. Quant à l'installation à Evry,
c'est une aberration, un accident de l'histoire ! Que Bernard Barataud
ait créé Généthon à Evry parce qu'il
y disposait des surfaces pour installer un grand laboratoire, on le
comprend bien. Cela nous embêtait plutôt de venir à
Evry, mais c'était les moyens de l'AFM et donc leur
liberté de décider ainsi. Mais qu'ensuite il
réussisse à induire des financements publics très
importants pour que l'on y installe le Genoscope - Centre national de
séquençage, le Centre national de génotypage
(CNG), la Génopole etc., c'est quand même difficilement
compréhensible. Reste qu'il l'a fait. Est ce viable à
terme ? Attendons encore. Quelle est la durée de vie des start-up
qui se sont installées ici ? Je crois que cela reste très
fragile. Personnellement, je pense qu'il eût mieux valu installer
le Genoscope et le CNG à Orsay, c'est-à-dire à
proximité d'un pôle universitaire conséquent. Je
crois que la recherche fondamentale reste la motivation première
d'un jeune chercheur, heureusement d'ailleurs. Les bonnes idées
en matière d'application viennent toujours de la recherche de
base et ce qui manque le plus de tout temps, me semble-t-il, est certes
l'argent mais surtout les bonnes idées. Or, statistiquement, les
bonnes idées d'application, celles qui sont originales, ont les
meilleures chances d'émerger dans des endroits où
fourmillent les idées, c'est-à-dire les grandes
universités. Une bonne recherche appliquée ne se
construit qu'à partir d'une bonne recherche fondamentale,
réservoir de compétences nouvellement formées et
d'idées novatrices.
'Celera', la concurrence des Américains
C'est en 1998, juste au moment où nous étions en train de
monter en puissance à Evry qu'a surgi l'affaire Celera,
c'est-à-dire l'annonce faite par Craig Venter qu'il allait
séquencer le génome humain à lui tout seul. Il
faut se souvenir que depuis 1996, fonctionnait, un consortium public
international, rassemblant les centres de séquençage
publics des différents pays qui participaient au programme de
séquençage du génome humain. Cette annonce a donc
posé d'emblée la question de la poursuite du projet
public. Et au plan national, en plus, se posait la question de "Est-ce qu'un centre de relativement petite taille comme le Genoscope reste d'actualité ?". L'intention de Celera
était de monnayer ses données de séquence et donc
d'éliminer la concurrence du projet public pour se trouver en
situation de monopole. L'accès payant aux données de
séquences est une mauvaise idée. En effet, sur le plan
scientifique, des données qui gardent un caractère
confidentiel, sont de qualité incontrôlable, puisqu'elles
échappent à toute remise en question publique. En outre,
compte tenu de la nature des données en question, de leur
intérêt général, il me semble qu'elles
devaient rester dans le domaine public. Il était impensable que
s'établisse un monopole autour de la séquence du
génome humain, même si l'industrie était
prête à accepter de les payer un prix faramineux. Pour
nous (Genoscope), pour jouer un rôle majeur dans le projet, il
aurait fallu multiplier notre budget par un facteur trois ou quatre, ce
qui était impensable. Donc, et bien qu'initialement le centre
ait été prévu pour servir l'ensemble des besoins
de la communauté scientifique française, tous
génomes confondus, nous avons alors décidé de nous
concentrer sur le génome humain en y consacrant la
totalité de notre budget, ce qui nous a permis de rester dans le
projet en y contribuant d'une manière, certes modeste, mais
significative.
ADN complémentaires (ADNc) ou séquence intégral ?
En fait, il faut les deux. Les ADNc seuls ne sont pas suffisants mais
inversement, la séquence génomique non plus. Il est vrai
qu'il semblait beaucoup plus économique d'essayer de faire un
inventaire à partir des séquences d'ADNc parce qu'on ne
séquence pratiquement que du codant, ce qui explique d'ailleurs
que les gens intéressés par les protéines soient
très heureux avec les ADNc, puisqu'ils trouvent à peu
près l'information qu'ils recherchent. Mais, dès le
début, on savait que c'était quand même une
approche limitée. On savait que l'on n'aurait jamais la
totalité des ADNc parce qu'on ne savait pas dans quel tissu
certains sont présents, qu'ils s'expriment parfois de
façon très minoritaire (ce qui rend leur détection
encore plus difficile) et qu'il est pratiquement impossible d'obtenir
chaque ADNc dans son intégralité. Par ailleurs, l'ADNc ne
permet pas de savoir comment un gène s'exprime, puisqu'il ne
comporte pas la région promotrice. Pour cela, il faut avoir
accès à l'ADN génomique. N'oublions pas non plus
que les premiers gènes de maladies n'ont pas été
identifiés par les ADNc, mais par l'isolement du segment d'ADN
génomique qui couvrait l'intervalle génétique dans
lequel était localisé le gène. Avec l'ADNc, on ne
pouvait pas faire cela. Donc, pour l'identification des gènes
des maladies, il fallait la séquence
génomique. Aujourd'hui, on dispose de la séquence du
génome et on se rend compte qu'il nous faut aussi les ADNc, par
exemple pour tous les problèmes de variants d'épissage.
Or, actuellement, on a seulement 16 000 ADNc complets à notre
disposition ! Cela dit, je crois que la séquence
génomique était quand même la moins mauvaise des
méthodes. Avec le séquençage, même si on
n'arrive pas à identifier tous les gènes facilement, on a
quand même réussi à identifier 80 à 90 % des
gènes codant pour des protéines. Et puis on a
trouvé autre chose... Il y a 10 ans on se disait qu'en
séquençant le génome, on ne savait pas exactement
ce que l'on allait trouver, mais qu'on allait sûrement trouver
des choses inattendues. C'est bien ce qui est en train de se produire.
En fait, il y a un tas de choses exprimées sur le génome
qui ne sont pas traduites en protéines, il existe des transcrits
non codant. On ne sait pas à quoi ils servent, ils ne servent
peut-être à rien, mais ils sont là. La
découverte des ARNi et des micro ARN indique qu'une partie
d'entre eux, sans doute pas les plus nombreux, ont vraisemblablement
une fonction régulatrice. Mais il y a probablement plus de bruit
de fond. On peut notamment concevoir qu'à la suite de mutations,
des promoteurs apparaissent spontanément sur une séquence
d'ADN au cours de l'évolution. Ces promoteurs seront souvent peu
efficaces mais pourront donner naissance à des transcrits, qui
seront épissés, polyadénylés et passeront
dans le cytoplasme... Ils existent, même si leur niveau de
transcription est très faible. On peut penser qu'ils
représentent une sorte de réservoir d'évolution.
Avec quelques mutations bien placées, cet ADN aujourd'hui non
codant, pourrait le devenir. Il pourrait donner une protéine
susceptible de conférer un avantage sélectif à
l'espèce dans laquelle il s'exprime, et se transmettre de
génération en génération. Ce n'est qu'une
hypothèse. Et puis on observe aussi de nombreuses régions
conservées entre différents génomes de
mammifères qui ne sont pas transcrites, mais auxquelles on est
tenté d'attribuer un rôle biologique.
La recherche et la société
Un des problèmes majeurs aujourd'hui, reste l'ignorance du
public, mais je ne sais pas comment on pourrait le résoudre.
Nous sommes clairement confronté à toute une série
de choix de société qui vont devenir de plus en plus
aigus, mais nous ne savons pas comment en faire comprendre les tenants
et aboutissants. Au lancement du programme génome
américain (HGP), on a très vite réalisé que
la question de l'eugénisme allait se reposer. L'une des
premières actions du HGP fut d'essayer d'éduquer le
public. On s'est donc efforcé d'expliquer exactement ce que l'on
allait faire et pourquoi et de mettre à plat les aspects
éthiques. Ce fut un échec. Imprimer des millions de
plaquettes que les gens ne liront pas, n'est pas efficace. Mais le fait
d'avoir soulevé ces questions a eu pour conséquence
d'obliger les chercheurs aux Etats-Unis de remplir des tonnes de
paperasses pour lancer des études génétiques sur
les familles. C'est devenu rédhibitoire et plus personne ne veut
prendre de risque. On demande toujours d'évaluer le risque
éventuel d'une action, mais jamais celui de l'inaction.
Nouvel entretien avec Jean Weissenbach
réalisé le 30 mai 2011 au Génopole d'Evry avec L.
Esterle, J.-F. Picard et J.-F. Prud’homme (script K. Gay)
J-F Picard : L’un des points qui me frappe dans
l’histoire du programme génome concerne une nouvelle forme de relations entre la
recherche médicale et les sciences biologiques. Aux Etats-Unis,
au cours des années 1980, la recherche sur le génome
humain est lancée par des biologistes, alors qu’en France les
premiers à avoir réagi sur la question ne sont pas les
généticiens du CNRS ou de l’Inserm, mais des
médecins, notamment Jean Dausset ou Daniel Cohen son interne, qui sont les initiateurs d’un programme génome
lancé par le Centre d’étude du polymorphisme humain
(CEPH) installé au Collège de France en 1984, puis
logé à l’hôpital Saint-Louis. Ainsi il semble y
avoir une logique médicale derrière les débuts de
cette entreprise. Alors qu'aux Etats-Unis, quand on lit la
littérature scientifique de la fin des années 1970 ou du
début des années 1980 à propos des débuts
de la génomique, on parle de génome au singulier, comme
si le fait de ne pas préciser ‘humain’ était suffisamment
explicite. Le projet d’un programme génome y est lancé
par des des généticiens, des universitaires, mais pas par
des médecins et sera mis en oeuvre assez rapidement par le
gouvernement fédéral (Human Genome program), non sans que
soient évoquées ses retombées médicales
bien entendu, mais davantage comme un argument de vente que comme une
fin en soi (cf. Jim Watson). À l’inverse, en France, du
côté des pouvoirs publics, du CNRS ou de l’Inserm, c’est
le silence radio à propos du génome humain, tandis que le
ministère de la recherche installe un Groupement pour
l’étude des génomes (GREG) mobilisé au tournant
des années 1990 sur le séquençage de la levure ou
de bacillus subtilis. Simultanément, de manière
décisive Bernard Barataud
qui préside aux destinées de l’Association
française contre les myophaties (AFM) rencontre les gens du CEPH
et se laisse convaincre
d’investir dans la ‘big science’, ce qui donnera le
Généthon. Cette convergence entre la génomique - i.e. la
science - et la médecine - une association de malades et quelques médecins chercheurs - ayant pour
heureux résultat de permettre la première cartographie du
génome humain.
J. Weissenbach : En fait, c’est Daniel Cohen qui a été le grand moteur dans cette histoire.
J-F Picard : Mais il semble avoir été dépité par le manque d’intérêt de la recherche publique. D’où la question : pourquoi l’Etat n’a-t-il pas investi dans le programme génome à ses débuts?
J. Weissenbach : C’est un problème récurrent, comme sur tout un tas de thématiques scientifiques en France. L’Etat ne met pas les moyens, on le sait très bien, sauf circonstances exceptionnelles. En fait, Philippe Lazar, le DG de l’Inserm, ne voulait pas du programme génome parce qu’il n’y avait pas les moyens de le financer. Je me souviens qu’il y a eu de grands débats à l’époque sur le thème faut-il y aller ou pas ? En réalité, un tas de gens avaient d’excellentes raisons pour ne pas y aller.
J-F Picard : A Pasteur, votre confrère Philippe Kourilsky par exemple ?
J. Weissenbach : Exactement. À Pasteur de toutes les façons, c’est une bande d’intellos auxquels un projet comme celui-là déplaisait profondément.
J-F Picard : Certains d'entre eux parlaient alors d’un travail de ‘primates évolués’...
J. Weissenbach : ...comme Jim Watson, on appuie sur un bouton et l’on a un résultat. Ce n’est pas de la science disaient-ils, encore qu’il y avait encore quelques problèmes technologiques à résoudre qui n’étaient pas triviaux. Donc, de ce point de vue c’était tout de même de la science.
J-F Picard : D’où votre rôle essentiel, unanimement reconnu, dans la cartographie du génome.
J. Weissenbach : Je n’ai pas résolu tous les problèmes, il s’en faut. Mais si on veut faire de la science, il faut aussi faire ce genre de choses.
J-F. Prud’homme : Dans les archives, j’ai lu que l'idée initiale de Jean Dausset était de faire au CEPH un laboratoire qui s’appelait ERGAM (espace de recherches génétiques appliquées aux maladies neuromusculaires). Daniel Cohen a vendu ce projet à l’AFM et lui a dit qu’il allait localiser tous les gènes avec des sondes d’ADN. Il voulait repérer les maladies sur les chromosomes avec des sondes proches des gènes des maladies. Le problème auquel il s’est heurté très rapidement c’est qu’il n’avait pas de familles. Il a donc été voir Berrnard Barataud et il lui a dit « je suis désolé, je vous ai dit que j’allais faire des localisations de gènes de familles atteintes de maladies génétiques, mais en fait je n’ai pas de malades, est-ce que vous accepteriez que je transfère l’argent que vous m’avez donné non pas sur la localisation de gènes de maladies mais sur la localisation de marqueurs sur les chromosomes ». C’est comme ça qu’on est passé de gènes de maladies aux marqueurs. Et ensuite les marqueurs polymorphes apparaissent avec PCR et l’on passe des sondes qui repèrent les régions bien précises de l’ADN au PCR développé par Jean Weissenbach. Comme il me l’a rappelé récemment, en 1989, il engage avec une bourse AFM Jamilé Hazan, alors qu’il était à l’Institut Pasteur, pour aller travailler au CEPH sur la carte du chromosome 20.
J. Weissenbach : Jamilé Hazan met au point les technologies analytiques pour suivre les produits d’amplification génique pour faire aboutir le projet.
J-F Picard : Sur cette histoire d’ERGAM et sa transformation en Généthon, vous avez dû en discuter avec Daniel Cohen.
J. Weissenbach : J’ai commencé à en discuter avec lui au printemps 1989 quand je lui ai dit que je voulais développer quelque chose en cartographie. Il m’a dit que je pouvais venir si je n’avais pas de place à Pasteur. Mais il a ajouté qu’il n’avait pas de sous pour moi, qu’il fallait donc que j’en trouve. Or, j’avais ce qu’il fallait, donc ça tombait bien. J’avais aussi deux techniciennes payées par Pasteur avec lesquelles je suis allé au CEPH en septembre. À ce moment, je discutais quasiment tous les jours avec Daniel, Il me disait son intention de faire la carte physique et je lui répondais qu’il fallait faire une carte génétique avec les microsatellites.
J-F Prud’homme : J-M Lalouel et M Lathrop étaient encore au CEPH ?
J. Weissenbach : J-M Lalouel était reparti aux Etats-Unis, mais Mark Lathrop était là. J’ai discuté aussi avec lui, il était clair qu’il interviendrait à un moment donné dans (mon) projet. Et bien sûr, j’ai utilisé ses logiciels pour situer les marqueurs sur la carte du chromosome.
J-F Prud’homme : Jamilé Hazan a positionné combien de marqueurs, 20-25 ?
J. Weissenbach : Oui, c’est de cet ordre-là. Il y a un papier là-dessus dans ‘Genomics’.
J-F Prud’homme : A ce moment-là, tu vas voir Daniel Cohen et tu lui dis que tu es d’accord pour faire 500 marqueurs. Il te répond : « mais ça ne va pas mon gars ! ce n’est pas 500 qu’il faut, c’est 5 000 … ».
J. Weissenbach : Exactement.
J-F Prud’homme : Et tu lui dis que c’est un problème de moyens, il te répond alors : « t’en fais pas, on trouvera le pognon ». Auffray, lui, arrive en 1991 et il dit qu’il fait les cDNA. C'est-à-dire du séquençage de cDNA et en particulier ceux exprimés dans les maladies neuromusculaires. Donc tout ce petit monde démarre Généthon. En 1992 c’est l’époque la plus grandiose car les Américains ne savaient pas ce que les Français faisaient. Jean fait la première version de sa carte en 1992 ensuite Daniel fait la carte physique du chromosome 21.
J. Weissenbach : Non, lui c’est mi 1992 et nous c’était fin 1992.
J-F Prud’homme : Ensuite vous sortez tous les deux une carte de l’ensemble du génome.
J. Weissenbach : Une carte physique fusionnée à la carte génétique en 1993. Mais elle était de mauvaise qualité. Cette carte était basée sur les YAC (yeast artificial chromosomes) qui ont été très fortement remaniés et elle s’est révélée inutilisable.
J-F Prud’homme : Puis, en 1993, Daniel Cohen décide de partir. Pour quelles raisons ?
J. Weissenbach : Il y a eu les discussions avec Eric Lander. C’est le lancement de Millennium.
J-F Picard : Est-ce Eric Lander qui est venu chercher Daniel Cohen ou l’inverse?
J. Weissenbach : Je n’étais pas dans le secret des dieux, mais sans doute Daniel devait-il considérer qu’il manquait de financement à Généthon.
J-F Prud’homme : Est ce qu’il considérait
que sa carte était bonne ? Je me souviens d’une discussion entre
toi et Daniel à l’époque. Tu avais dit : « c’est
dommage, tu devrais utiliser mes marqueurs pour les positionner sur tes
cartes
- Ce n’est pas la peine, t’avait répondu Daniel.
- Mais tes trucs sont chimériques
- Non, ils le sont très peu. C’est négligeable.
- Allons donc! Tu n’en sais rien…».
La carte était alors quasiment finie. Et puis il y a
également eu une engueulade avec Bernard Barataud parce que
Daniel trouvait qu’il n’avait pas assez de fric. Finalement pourquoi
est-il retourné au CEPH après l’épisode
Généthon ?
J. Weissenbach : C’est pour de sombres histoires internes à Généthon qui relèvent de considérations extra scientifiques.
J-F Prud’homme : A ton avis quand Daniel s’aperçoit-il que sa carte n’est pas bonne ?
J. Weissenbach : En 1993 il y a eu des engueulades. Les Américains s’aperçoivent que la carte n’est pas bonne et des papiers sortent dans ‘Science’ et dans ‘Nature’ en disant qu’il y a un problème à Généthon. Daniel répond et il retourne au CEPH. Puis c’est l’histoire de Millennium et la suite.
J-F Picard : En 1993, on a toujours comme objectif le génome humain donc les implications médicales de la génomique, or vous commencez à vous intéresser à d’autres génomes.
J. Weissenbach : C’est vrai.
J-F Picard : Au cours d’un précédent entretien avec Jean-François Prud’homme, je lui avais demandé : “pourquoi vous, Jean Weissenbach, vous quittez le génome humain pour vous intéresser à d’autres génomes ?”
J-F Prud’homme : … Et je vous ai répondu par une blague : “parce que l’avantage des bactéries, c’est que ça ne parle pas !”
J. Weissenbach : Et moi je répondrais que je suis quand même resté impliqué dedans jusqu’en 2003, c’est-à-dire jusqu’à la fin du Human Genome Program.
J-F Picard : Mais, est ce que votre évolution vers d’autres génomes coïncide avec un retour dans le giron de la recherche publique ?
J. Weissenbach : Mais je n’ai jamais quitté le public! Effectivement, il y a la parenthèse Généthon, mais j’étais toujours payé par le CNRS.
J-F Prud’homme : Cependant, Pasteur t’a obligé à démissionner.
J. Weissenbach : C’est assez compliqué, mais effectivement à un moment donné ils m’ont dit que je ne pouvais pas avoir les deux appartenances.
J-F Prud’homme : C’est ce qu’on aurait dû dire à Charles Auffray, mais que l’on t’a dit à toi.
J. Weissenbach : Auffray n’était déjà plus à Pasteur. Pasteur avait été en conflit avec l’AFM pour une histoire de collecte de fonds. Et donc, étant à la fois à Pasteur et ici j’étais en conflit d’intérêt d’une manière ou d’une autre du point de vue de l’Institut. Évidemment ils ont mis en avant l’argument scientifique et moi grand naïf, j’ai considéré que c’était fondé. À bien y réfléchir aujourd’hui, je pense il n’y avait pas que de la science dans l’affaire. Bref, il s’agissait aussi d’un prétexte.
J-F Prud’homme : Puis tu publies la deuxième version de la carte en 1994 (celle qui fera référence). Mais les discussions avec Charles Auffray sur les cDNA (ADN complémentaires), c’est quand ?
J. Weissenbach : En même temps que les chimères de YACs. Dans le même numéro de ‘Science’, ‘on parle des deux.
J-F Prud’homme : Revenons à Daniel Cohen et à l’épisode de ‘Genset’ et du très grand séquençage, celle des promoteurs. Nous sommes en 1995. En fait Genset a été créé en 1989 à Saint-Louis indirectement par Daniel Cohen qui a dit à Luc d’Auriol, Pascal Brandys et à Marc Vasseur : « on va avoir besoin d’oligos (des amplificateurs d’acide nucléique), vous devriez créer une société ad hoc ».
J. Weissenbach : Je me souviens avoir discuté une fois avec Luc d’Auriol fin 1990. Il était intéressé à savoir de quoi il retournait, car les gros consommateurs d’oligos c’était nous. Mais c’était quand on a monté le projet, en 1990. En 1989, on n’avait pas besoin de milliers d’oligos, la création de 'Genset' est antérieure au projet de cartographie de Généthon.
J-F Prud’homme : Ce que je voulais dire est que Daniel Cohen a dit à d’Auriol « on aura besoin d’oligos » pour expliquer l’origine de ‘Genset’. En 1995, il y a un accord passé entre l’AFM et ‘Genset’ pour un programme de très grand séquençage. Il en sort le labo installé au troisième étage au Généthon afin de séquencer les promoteurs notamment dans les maladies neuromusculaires.
J. Weissenbach : C'était un projet de Marc Vasseur à Genset. Il s’agissait en effet de séquencer les promoteurs, mais la stratégie envisagée était plutôt fumeuse. Elle a été remplacée par le séquençage des extrémités 5' des cDNA qu'on estimait proches des promoteursLe très grand séquençage c’était donc séquencer les extrémités 5’ des cDNA. Ils avaient une méthodologie montée par Jean-Baptiste Dumas, du temps où celui-ci était chez Charles Auffray. Ils ont appliqué cette technique en grand, d’abord à Généthon et ensuite dans les anciens locaux de la SNECMA. C’était effectivement au milieu des années 1990. Mais ces données n’ont jamais été publiées. ‘Genset’ pensait être assis sur un sac d’or et il a voulu le garder.
J-F Prud’homme : L’AFM ne les a jamais obligé à ouvrir leur sac?
J. Weissenbach : Question très intéressante, celui qui en sait sûrement un peu plus que moi est Jacky Beckmann.
J-F Prud’homme : Les gens de ‘Genset’ sont restés peu de temps à Généthon et ensuite ils sont venus ici au Génopole ?
J. Weissenbach : Je ne sais pas exactement. A Généthon, ils ont monté un bazar qui était n’importe quoi. Il y avait je ne sais pas combien de consoles d’ordinateurs derrière une vitre… Ça ne servait à rien ! C’était de la frime. Un truc à faire visiter aux actionnaires, à des sponsors, à des financiers… "Nous, Genset, on a compris que ce qui est important, c’est l’informatique". Sur tout ça, il y a quelqu’un à interviewer, c’est Pierre Le Ber, le directeur du séquençage à ‘Genset’.
J-F Picard : Confronté à des collègues engagés dans ce genre d’affaires, quelle était votre réaction ?
J. Weissenbach : C’était très désagréable, c’était du commerce, on parlait business…
J-F Prud’homme : Donc en 1995-96, tu publies la dernière version de la carte génétique et tu dis qu’il faut voir avec Généthon s’il est possible de mettre à la disposition de la communauté scientifique un outil plus performant que les technologies que chacun utilise dans son coin. Un outil qui permet de localiser et d’identifier les gènes responsables des maladies.
J. Weissenbach : C’est Généthon 2, un labo où l’on utilisait un peu l’infrastructure qu’on avait créée à Généthon 1 pour identifier les gènes responsables des maladies avec la stratégie de clonage positionnel.
J-F Prud’homme : Avec une restriction, c’est qu’à l’époque la carte permettait de localiser rapidement les gènes, mais qu’il restait un boulot gigantesque à effectuer entre la localisation et l’identification. C’est le séquençage du génome humain qui a considérablement permis d'accélérer cette étape.
J. Weissenbach : Généthon2 utilisait la carte génétique en se servant des outils qui existaient à l’époque. Ce n’était pas fantastique, mais on a réussi à sortir quelques gènes.
J-F Prud’homme : Très peu et ça a coûté très cher. À partir de quand l’AFM décide de cesser d’investir dans ce domaine?
J. Weissenbach : D’emblée, on voyait bien qu’ils n’étaient que modérément enthousiastes. Ce n’était pas leur truc de chercher les gènes responsables de maladies. Ils savaient très bien que cela se ferait ailleurs et ils avaient une autre idée en tête qui est celle de soigner les gens. C’est le fameux ‘schéma de Barataud’ : la carte, la séquence, les gènes, la thérapie. C’était fantastique ! Pendant des années, il a vécu avec ça. Mais je reconnais qu’en termes de marketing, c’était excellent. L’argumentaire mis en avant pour vendre le programme génome relevait essentiellement d’arguments de santé. Pour les gènes de maladies génétiques rares la séquence a été une accélérateur de découverte formidable Or, dans le domaine des maladies communes on voit que la génétique ne compte que pour 20 à 30 % de la cause dans le meilleur des cas, ce qui est d’ailleurs loin d’être négligeable.
L. Esterle : Les scientifiques n’ont-ils pas soutenu Bernard Barataud en matière de thérapies géniques ?
J. Weissenbach : Bien entendu, l'idée a été portée par des scientifiques. Mais les positions étaient controversées. Au niveau du conseil scientifique de l’AFM par exemple, il y avait de fortes discussions au sujet des thérapies géniques.
L. Esterle : Du côté de l'industrie, Michel Perricaudet à l’AFM disposait d’un gros contrat avec Rhône-Poulenc.
J. Weissenbach : Effectivement, Rhône-Poulenc-Rohrer était aussi dans le circuit.
J-F Prud’homme : Au conseil scientifique de l’AFM, il y avait également des gens très hostiles à la thérapie génique. Arnold Munnich a toujours dit que ça ne marcherait jamais, au moins pas avant un tiers de siècle.
J. Weissenbach : Et il n’était pas le seul. Je me souviens de m’être fait engueuler pour avoir dit dans une interview réalisée au moment du Téléthon que ça n’arriverait pas avant dans dix ans. Et, dans dix ans à l’époque, ça voulait dire après l’an 2000. Le lendemain, je me suis retrouvé dans le bureau de Bernard Barataud en présence de Daniel Cohen : « Tu ne te rends pas compte de ce que tu as dit à la radio… ! ». Je lui ai répété mot pour mot ce que j’avais dit la veille. Alors il me déclare : « Mais si, la science va beaucoup plus vite qu’on ne le croit ( !) ».
J-F Picard : Quel était l’avis de Daniel Cohen à propos des thérapies géniques ?
J. Weissenbach : Je pense qu’il y croyait. En tout cas, il soutenait Bernard Barataud. Quant à moi, il me disait souvent que j’étais pessimiste, que j'avais trop de doutes.
J-F Prud’homme : En 1996 tu estimes qu’ils ne sont pas très favorables à la création d’un laboratoire pour localiser les gènes des maladies génétiques et tu t’aperçois aussi probablement que le Généthon ne peut pas apporter un plus important par rapport aux technologies environnantes.
J. Weissenbach : Exactement. La seule manière d’aller plus vite était de disposer de la séquence. De toutes les façons, une fois devenu Généthon2, on redevenait un acteur parmi beaucoup d’autres, d’autant plus qu’on n’était pas directement liés à aux cliniciens qui s’intéressaient aux pathologies génétiques. L’AFM, à bon droit, refusait de financer le séquençage. On a eu une ou deux discussions à ce sujet au ministère de la Recherche avec Bernard Bigot et Gérard Tobelem.
L. Esterle : A l’époque, Gérard Tobelem s’occupait de la mission des sciences du vivant et Bernard Bigot était directeur de la recherche.
J-F Prud’homme : Et toi même, voulais tu aller dans le séquençage ?
J. Weissenbach : Est-ce que je voulais aller dans le séquençage? Je n’en suis pas sûr, je m’interrogeais. En fait, je ne savais pas où je voulais aller. Alors qu’aujourd’hu, je le sais, mais il est trop tard…
J-F Picard : Cependant, au ministère de la Recherche surgit la volonté de participer au programme de séquençage.
J. Weissenbach : Avec Bernard Barataud, au cours d’une réunion au ministère, on leur a effectivement dit qu’il serait important que la France participe au projet. Mais ça allait coûter de l’argent et Barataud les a prévenu que l’AFM ne financerait pas ce programme.
J-F Prud’homme : En fait, le ministère a pris l’argent du GREG (GIP Groupement de Recherche et d’Etudes des Génomes) pour faire le centre de séquençage. Or, tu étais dans sa commission scientifique, que peux-tu en dire ?
J. Weissenbach : Je n’ai pas été au début du GREG, mais au bout d’un certain temps. En fait, que voulais-tu que fasse cet organisme avec 50 millions de francs pour aider des gens qui voulaient faire des génomes de plantes, séquencer la levure, s’occuper du génome humain ? Bref, où il fallait tout faire et personne n’était capable de définir des priorités. Les réunions du GREG étaient des réunions scientifiques extrêmement intéressantes,mais où l'on évitait de conclure pour ne fâcher personne. .
J-F Picard : Donc le ministère a récupéré les modestes moyens dévolus au GREG pour lancer le programme de séquençage…
J. Weissenbach : …Ce qui permettrait, en outre à l'AFM, de recaser une partie du personnel de Généthon. Bernard Bigot et Gérard Tobelem sont donc d’accord pour que la France participe au programme international de séquençage. Ils installent une commission qui conclut à l’idée de centres multipolaires concoctée par Jacques Demaille et Francis Galibert. Je faisais partie de ce comité où j’étais complètement isolé. Je leur disais de faire plutôt comme les Anglais ou les Américains, un gros truc, mais pas des petits machins dans tous les coins qui ne serviraient à rien. Ils m’ont rétorqué qu’ils allaient s’organiser dans un ensemble multipolaire où les gens se concerteraient …
J-F Picard : C’est comme ça qu’avait fonctionné le programme européen de séquençage de la levure.
J. Weissenbach : Oui, mais de manière pas très efficace et surtout hyper chère.
J-F Prud’homme : En 1996-1997, lorsque tu quittes le Généthon, c'est ce pour créer le Centre National de Séquençage ou parce que tu t’engueules avec Bernard Barataud ?
J. Weissenbach : Les deux ! En 1996 j’ai dit à Bernard Barataud que Gérard Tobelem me convoquait au ministère pour le projet de centre de séquençage, le ministre de l’époque étant François d’Aubert. Donc Tobelem me convoque un soir au ministère et me dit qu’ils vont faire le centre de séquençage. J'avais été prévenu avant par Pierre Tambourin, alors directeur des Sciences de la Vie au CNRS, qui m'avait dit que le consensus autour du séquençage avait fini par se faire et que même Pierre Chambon ne s'y opposait plus. Il y a donc eu d’abord le rapport pour des centres multipolaires établi par Jacques Demaille et Francis Galibert. Puis est venu le rapport de Jean-Marc Egly qui concluait exactement le contraire, i.e. un centre national de séquençage. Il était allé voir ce qui se passait chez les Anglais, ce dont il avait conclu qu’il fallait faire un organisme unique. Tobelem et Bigot se sont demandés à qui ils allaient confier le projet et sur les conseils d’Egly, ils ont décidé de me le refiler…
J-F Prud’homme : Et le CNS se retrouve directement doté d’un budget par le ministère.
J. Weissenbach : Au début, 80 millions de francs, puis on a dû monter jusqu’à un peu plus de 100 millions pendant la période de rééquipement. Le ministère était assez sympa avec nous, il nous donnait des rallonges régulièrement. En fait, nous disposions des sommes suffisantes pour ce que nous avions à faire dans la perspective du HGP, c’est-à-dire séquencer le chromosome 14 du génome humain.
J-F Prud’homme : N’était-il pas prévu d’installer le Centre national de séquençage à Paris, rue des Saints-Pères ?
J. Weissenbach : Ecoute, je ne vais pas recommencer à te raconter l’histoire pour que l’on me ressorte que c’est l’AFM qui a « fait » les cartes et qu'il était donc légitime que le centre de séquençage s'installe à Evry ! L’AFM s’imaginait, et c’était son gros problème, que puisqu’elle avait réussi à faire les cartes, dès lors elle savait gérer la science, alors qu’en fait c’est Daniel Cohen qui les avait convaincu de les faire.
J-F Picard : L'idée vient effectivement du CEPH, mais c'est grâce à un financement de l’AFM que les chercheurs ont pu travailler. Vous disiez vous-même que l’Inserm n’avait pas pu s’occuper de la génomique parce qu’il n’en avait pas les moyens…
J. Weissenbach : Comme tous les organismes publics de recherche en France, ils ne peuvent pas faire de politique scientifique car ils n’ont pas de marge de manœuvre financière.
J-F Picard : Ce qui en laissait une, superbe, à l’AFM.
J. Weissenbach : Evidemment.
J-F Prud’homme : Initialement, il y avait une séparation nette entre l’AFM et le Généthon. C’est ensuite que l’AFM a essayé de récupérer Généthon et comme Bernard Barataud considère qu’il est capable de gérer la science, il devient président de Généthon... Mais revenons sur la demande du Genoscope à Paris.
J. Weissenbach : Ca commence dans le bureau de Gérard Tobelem le jour où il me dit : «il faut que tu prennes la direction du centre de séquençage ». Je lui réponds : « on le met n’importe où, mais pas à Evry ». Barataud savait que j’avais cette discussion avec Tobelem ce jour-là. Le lendemain matin, il me téléphone : « alors, qu’est-ce que vous avez décidé ? ». Je lui ai donc expliqué qu’ils étaient prêts pour faire un centre de séquençage et j’ajoute que ça ne se ferait pas à Evry. Tobelem m’avait dit « tu ne dis rien à Barataud ». Mais je ne pouvais pas ne pas le faire ! Dont acte. Dans la foulée Barataud a donc demandé une entrevue avec le ministre : « voilà, lui a-t-il dit, je mets tant de moyens dans le projet, mais vous mettez le centre de séquençage à Evry ». Et le ministre a acquiescé. J’ai alors eu plusieurs conversations avec Bernard Bigot pendant l’été 1996. J’essayais de convaincre de l’intérêt des Saint Pères, mais il pensait qu'il ne fallait pas se fâcher avec l'AFM afin qu'elle continue à financer la recherche et il a conclut qu'il valait mieux aller à Evry. Le ministre disait qu’il soutiendrait le projet d’une université à Evry, etc. Mais on sait ce que valent les promesses des politiques. Bref, on a fait cette université, mais le résultat, c’est que les bons étudiants n'y restent pas. J’avais dit à Barataud que jamais l’Etat ne financerait cette université le temps qu’il faudrait pour qu’elle sorte la tête de l’eau et aujourd’hui il n’y a plus de sous.
J-F Picard : Pourquoi Barataud ne vous a t il pas entendu?
J. Weissenbach : Parce que politiquement, ce ne l’intéressait pas. Ce qu’il voulait, c’était un environnement autour du Généthon. Il l’a eu, mais pas de façon optimale. Les sites sont tellement éloignés les uns des autres qu’ils ne se parlent pas. Cette problème de site, on le lui a dit et répété. Sa réponse était : « taisez-vous, vous êtes des nuls !»
J-F Prud’homme : Donc tu t’es fâché avec Barataud…
J. Weissenbach : En fait, j’étais déjà fâché avec lui depuis le Téléthon 1996. À l’occasion, je lui avais dit que je n’y participerai pas. Je protestais parce qu’il était à l'origine d'une mauvaise décision pour la France. J’avais préparé une lettre que je crois ne lui avoir jamais envoyée, mais j’avais faxé pour prévenir que je ne venais pas et pour lui dire que c’était à cause du choix d’Evry. Il était impossible de démarrer ex nihilo une université à 35 kilomètres de Paris alors qu’il y avait déjà Orsay.
J-F Prud’homme : Tu as été un moment professeur à l’université d’Evry, je te le rappelle, même si tu en as démissionné!
J. Weissenbach : En fait j’y étais sans y être. C’est le CNRS qui m’a toujours payé.
J-F Prud’homme : En 1997, tu démarres donc le Centre national de séquençage (Génoscope). Le programme du chromosome 14 a roulé facilement ?
J. Weissenbach : Ca s’est bien passé et puis on a lancé un tas de programmes latéraux, le poisson par exemple.
J-F Prud’homme : Le séquençage du 'fugu' que Sidney Brenner aurait dû faire.
J. Weissenbach : Oui, mais Sidney Brenner n’avait pas le financement nécessaire. L’idée de départ était qu’on ne pourrait pas interpréter le génome humain si on ne disposait pas d’outils de comparaison, de génomes à comparer. Sidney avait choisi le 'fugu' parce qu’il avait remarqué que son génome était dix fois plus petit que le génome humain. Comme celui de la souris était aussi grand que le génome humain, il fallait prendre quelque chose de beaucoup plus petit. A posteriori, on voit bien qu’il fallait les deux, qu’il fallait à la fois des espèces proches et des espèces plus lointaines.
J-F Prud’homme : En 2000, tu fais une découverte importante qui a étonné les scientifiques lorsque tu as dit qu’il n’y ait que 30 000 gènes dans le génome humain, alors que tout le monde pensait qu’il y en aurait au moins 100 000.
J. Weissenbach : On en est aujourd’hui à 22 000. J’ai dû écrire en 1996 qu’on arriverait à avoir une idée du nombre de gènes du génome humain en comparant des fractions des deux génomes. Il fallait faire des comparaisons. Ce qui est difficile et que j’avais sous-estimé, c’est que nous ne disposions pas de suffisamment de gènes de référence du génome humain. Ça veut dire que pour un gène, on ne voit pas la totalité des exons. On n’avait pas à l’époque, fin des années 1990, la totalité des exons des gènes séquencés.Il y en avait quelques centaines, mais ils étaient biaisés. En se basant sur les chiffres de l’époque, on arrivait à 28 000 ou 29 000. Il y a eu deux estimations en parallèle. Il y en avait une qui arrivait au même nombre que nous et une autre qui arrivait à 60 000 - 70 000. Mais la plupart des gens étaient incrédules. Si tu regardes le fameux pari sur la prédiction du nombre de gènes, la plupart des chercheurs avaient parié sur beaucoup plus. Sauf un type qui a dit : « je vais prendre le nombre le plus petit parce que c'est ma seule chance de gagner. Si je ne me distingue pas des autres je n'ai aucune chance de gagner, Donc en faisant un choix risqué je perdrai sans doute, mais dans la masse je perdrai sûrement. Ce n’est pas la peine que je me noie dans la masse. Ma seule chance c’est de prendre le nombre le plus petit ».
J-F Prud’homme : Quand avez vous publié la séquence du chromosome 14?
J. Weissenbach : En 2003. En 2002 le travail était achevé, mais on a passé un an à faire les annotations.
J-F Prud’homme : Et les autres bestiaux séquencés au CNS?
J. Weissenbach : Les autres bestiaux, ce sont des projets en collaboration. À part le poisson ce sont des projets français dont nous n’avions pas l’initiative. D'autres organismes ont été proposés par des gens de la communauté savante et choisis par le comité scientifique du Genoscope. On a eu une petite contribution dans le génome de l’anophèle, pour le riz, on était membres d’un consortium. Dans ces projets-là, nous n’étions pas les leaders alors que nous l’étions pour la vigne et la paramécie.
J-F Picard : Quand avez-vous commencé à vous occuper de bactéries ?
J. Weissenbach : Dès le début du Genoscope, il y a eu des séquençages de génomes bactériens. C’étaient des petits trucs pour se faire la main aussi bien en termes de techniques qu’en termes d’analyses de séquences. Puis on a démarré le projet ‘cloaca maxima’ au début des années 2000, mais avec des moyens insuffisants. Si on avait mis le paquet, on serait passés devant Craig Venter et son projet de métagénome. Le métagénome, c’est un mélange des génomes de tout un tas d’espèces de bactéries qui vivent en communauté. Il y a des échanges dans la communauté : le substrat d’une espèce de bactéries est produit par une autre. C’est-à-dire que l’on met le doigt sur un véritable écosystème. Dans le même ordre d’idée, on a un autre projet en cours de démarrage (tara océan) qui concerne le phytoplancton.