Depuis quelques années, la crise de la recherche française révèle l'hostilité récurrente de la communauté scientifique vis-à-vis du pilotage de la science par les pouvoirs publics. Cette fois, la contestation rapproche des jeunes scientifiques du mouvement 'sauvons la recherche!' qui manifestent contre la suppression de postes dans la fonction publique et des scientifiques seniors qui prônent l'assouplissement de règles administratives auxquelles ils reprochent d'entraver le fonctionnement de leurs laboratoires. Derrière ces revendications apparemment contradictoires - faut il plus ou moins d'Etat dans l'organisation de la recherche? - se profile une rhétorique des sciences fondamentales se disant menacées par les visées utilitaristes des politiques scientifiques. Mais on peut s'interroger, faut-il parler d'une crise de la recherche ou d'un problème de chercheurs ? 

L'histoire des politiques de la science en France suggère des éléments de réponse. Il y a trois siècles, la science considérée comme une branche de la philosophie n'aspirait qu'à comprendre les lois de la nature. Mais la physique d'abord puis la chimie et aujourd'hui les sciences du vivant ont suffisamment contribué à façonner le monde dans lequel nous vivons - voire notre vie elle-même - pour qu'il soit devenu difficile de séparer l'avancée des connaissances de l'usage qui en est fait. Autrement dit, l'intégration de la recherche fondamentale avec ses applications est devenue un tel enjeu pour nos sociétés développées qu'il a fini par susciter ce que l'on qualifie désormais de politiques scientifiques. Néanmoins, si cette distinction entre la science et ses applications s'est largement estompée au point d'apparaitre comme un héritage historique, elle permet de comprendre la manière dont s'est organisée la recherche au siècle dernier. Schématiquement, aux demandes des sciences fondamentales et de la recherche libre a répondu l'installation de caisses des sciences - un type d'organisme dont sont issues nos actuelles 'agences de moyens' - chargées de dispenser des bourses et des subventions à des laboratoires universitaires dont les exemples célèbres sont aux Etats-Unis les grandes fondations du début du siècle dernier (Rockefeller, Carnegie) ou aujourd'hui la Nationale Science Foundation (NSF), la Deutsche Forschung Gemeinshaft installée (DFG) en Allemagne au lendemain de la Première Guerre mondiale ou la Caisse nationale de la recherche scientifique en France un peu plus tard. De leur côté, les instituts scientifiques ont répondu aux besoins d'une recherche davantage finalisée. En effet ces organismes - parfois qualifiés d' 'opérateurs de recherche' - ont été installés pour répondre à des demandes aussi diverse que la santé humaine, la chimie des matériaux ou la physique nucléaire, des domaines où l'activité scientifique requiert un personnel spécialisé et sédentarisé comme un appareillage complexe et onéreux qui restaient hors de portée des compétences ou des moyens d'une université traditionnelle. Tel fut le cas pour l'Institut Pasteur en France, pour les instituts Kaiser Wilhelm, aujourd'hui Max Planck (MPG) en Allemagne ou des 'Caltech' et 'M.I.T.' aux Etats-Unis. 

Dans le souci de coordonner l'ensemble de la recherche française, la création en 1939 du Centre national de la recherche scientifique (CNRS) marquait le souci des pouvoirs publics de fondre au sein d'une même entité, une agence de moyen, la Caisse nationale de la recherche scientifique dispensatrice de bourses et de subventions à l'enseignement supérieur - dont l'attribution est l'apanage d'un Conseil supérieur de la recherche scientifique ancêtre de l'actuel Comité national -  et un opérateur de recherche, l'Office national de la recherche scientifique et des inventions qui disposait à Meudon-Bellevue d'un ensemble de laboratoires liés à l'industrie. Mais comme le CNRS est créé dans un contexte de mobilisation scientifique, les demandes de la Défense nationale et, plus généralement, les besoins d'une économie de guerre donnent la priorité à sa partie chargée des recherches appliquées (CNRSA). C'est ainsi que Frédéric Joliot (Nobel 1935) est appelé à développer ses recherches sur la fission nucléaire ou que Louis Néel (Nobel 1970) imagine le moyen de protéger les navires des mines magnétiques ennemies. Après la défaite, le CNRS poursuivra ces recherches à finalité industrielle pour parer aux conséquences des pénuries alimentaires ou pour trouver les carburants de substitution nécessaires aux transports. Pourtant, en 1945, cette double vocation fait long feu. Le Comité national dont la principale fonction est de répartir bourses et subventions dans l'enseignement supérieur refuse d'intégrer les chercheurs engagés dans la recherche à finalité industrielle (physique nucléaire, électronique, etc.). Outre leurs préventions vis-à-vis du monde économique, les professeurs de l'Université estiment qu'il est temps de rendre sa primauté à la science pure mise sous le boisseau du fait des circonstances de la guerre. En outre, cette réorientation du CNRS vers la recherche fondamentale signe aussi son incapacité à coordonner l'ensemble de la recherche française. Placé sous la tutelle de l'Education nationale, il n'a pas eu les moyens d'arbitrer entre les projets des ministères techniques de se doter de leur propre capacité de recherche-développement. Ainsi ont surgi en 1941 l'Institut national d'hygiène (l'INH, futur INSERM) créé par le ministère de la Santé, en 1943 un Office des recherches coloniales qui deviendra l'Institut de Recherche et de Développement (IRD), en 1944 sous l'auspice des PTT le Centre national d'étude des télécommunications (CNET), en septembre 1945 au ministère de l'Air l'Office national de recherches aéronautiques (ONERA), et en octobre de la même année le Commissariat à l'énergie atomique (CEA) qui bénéficie d'un statut interministériel qui a fait défaut au CNRS. En 1946 apparaissent encore l'Institut national de recherche agronomique (INRA) et l'Institut national d'études démographiques (INED). Quant au ministère de l'Industrie, en 1943 il a suscité la création d'un Institut de recherche pour la sidérurgie (IRSID) et de l'Institut français des pétroles (IFP), alors que les nouvelles entreprises nationalisées à la Libération se dotent de services de R & D.

L'échec du CNRS à coordonner la recherche française conduit la Vème République à relancer l'idée d'une politique scientifique nationale. Déjà, en 1956 lors du colloque de Caen réuni à l'instigation de Pierre Mendès-France, le problème de l'articulation d'un enseignement supérieur modernisé et du dispositif de la recherche publique avait été posé, mais les moyens budgétaires avaient manqué au régime précédent empêtré dans les guerres coloniales. En 1958, il revient donc au général de Gaulle de relancer le mouvement dans une perspective d'indépendance nationale, c'est-à-dire pour rendre au pays ce qu'il estime sa juste place entre les deux blocs, les Etats-Unis et l'URSS. Par ailleurs, «l'ardente obligation » invoquée par Pierre Massé, le commissaire au Plan implique de renouer le lien entre la recherche scientifique de pointe et les besoins d'une société en pleine expansion. Telle est la tâche d'une nouvelle administration - la Délégation générale à la recherche scientifique et technique (DGRST) - directement rattachée au Premier ministre et non plus à l'Education nationale. La DGRST est chapautée par un Comité des sages (CCRST), un groupe d'experts inspiré du Council de la NSF américaine. Ainsi, le couple CCRST-DGRST devient une sorte de ministère avant la lettre auquel revient le soin de répartir l'ensemble du budget civil de la recherche. Cette 'enveloppe recherche' en forte hausse passe de 120 MF en 1958 à plus d'un milliard de francs en 1964, ce qui permet un recrutement massif de chercheurs (au CNRS les effectifs vont doubler en dix ans :10000 agents en 1964, 20000 en 1974)  et l'installation d'instituts dédiés aux sciences physiques ou de nouveaux organismes comme le Centre national d'études spatiales (CNES), le Centre national d'exploration des océans (CNEXO puis IFREMER) ou l'Institut de recherche en automatique et informatique. A coté d'un véritable complexe militaro-industriel symbolisé par la création d'une Direction des recherches et des moyens d'assai (DRME) au ministère de la Défense, une direction des applications militaires installée au CEA est chargée de développer l'armement nucléaire. Cette "stratégie de l'arsenal" (J.-C. Salomon) a permis l'essor d'une industrie aérospatiale dont on connaît les retombées tant militaires que civiles tandis qu'EDF suscite le développement d'une industrie électronucléaire innovante. 

Du côté des sciences du vivant, afin d'assurer sa fonction d'agence de moyens, la DGRST adopte un dispositif d'inspiration anglo-saxonne : la recherche sur contrat. Le CCRST ayant identifié quelques grands domaines de recherche qu'il importe d'irriguer, le DGRST propose de passer contrats avec les laboratoires ou les chercheurs qui manifestent leur intérêt pour les secteurs sélectionnés. Ainsi, sur les neuf premières 'Actions concertées' lancées au début des années 1960, il est significatif que cinq concernent les sciences du vivant (biologie moléculaire, cancer et leucémies, applications de la génétique, nutrition animale et humaine, fonctions et maladies du cerveau) où la recherche française patissait d'un certain retard. Pour mettre en oeuvre cette politique contractuelle, le CNRS est découpé en départements dont les relations avec la recherche universitaire sont désormais régies par le dispositif des 'laboratoires associés' (aujourd'hui 'unités mixtes') et il lance des 'actions thématiques programmées' (ATP)  inspirées des actions concertées de la DGRST, mais sur des domaines plus pointus comme la pharmacodynamique ou l'économie de la santé. De même, au lendemain de la réforme hospitalo-universitaire (1958), la DGRST suscite en 1964 la transformation de l'INH en un Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM) dont l'organisation s'inspire de ces nouveaux modes de fonctionnement. Ainsi, à la suite du fameux Nobel des trois pasteuriens (A. Lwoff, J. Monod et F. Jacob en 1965), le CNRS et l'INSERM sont dotés des moyens d'assurer l'essor de nouvelles sciences du vivant, telle la biologie puis la génétique moléculaires surgie de la rencontre de la chimie et de la biologie. En termes quantitatifs, alors que les SDV ne représentaient que 18% des effectifs du CNRS en 1950, trente ans plus tard elles revendiquent près du tiers de l'organisme tandis que l'INSERM compte alors 4000 agents. Incidemment, au CNRS comme à l'INSERM, les SDV représentent premier secteur scientifique à avoir assuré la parité des chercheurs entre sexes.